De eeuwenlange domesticatie heeft de genetische variatie bij varkens niet beperkt. De genenpool is nog steeds groot, doordat ze nog vaak kruisten met hun wilde soortgenoten. Dat concluderen onderzoekers van Wageningen University en enkele internationale collega’s in een publicatie die 31 augustus online verscheen bij Nature Genetics.
Varkens worden sinds zo’n 9000 jaar door mensen gehouden. Dat begon in Anatolië, nu het Aziatisch deel van Turkije, en in de Mekong Vallei in Vietnam. De onderzoekers van Wageningen University gingen aan de slag met de vraag wat is er veranderd in het genoom van tamme varkens ten opzichte van dat van wilde zwijnen, en hoe dat proces is verlopen.
Voor het onderzoek werd van 104 wilde en gedomesticeerde varkens het complete genoom in kaart gebracht en met elkaar vergeleken. Deze 104 dieren waren gekozen uit een collectie van 4000 varkens van over de hele wereld die eerder al met een chip met 60.000 SNPs gekarakteriseerd waren.
Gedrag en bouw
Uit de genoomsequenties blijkt dat gedomesticeerde varkens in de loop der eeuwen sterk op gedrag en bouw zijn geselecteerd. Varkens werden rustiger, de schedel werd korter en de dieren werden kleiner – al zijn ze de laatste eeuwen weer langer en groter geworden. Daarbinnen zijn echter nog altijd twee subgroepen te onderscheiden, die verband houden met de regio van oorsprong, Azië of Europa, zegt Martien Groenen, hoogleraar Dierlijke genomica en betrokken bij het onderzoek. “Het netwerk van genen waar in Azië op geselecteerd is, komt overeen met dat van Europese varkens, maar de specifieke plekken zijn vaak verschillend.”
Daarnaast tonen de onderzoekers aan dat er voortdurend inmenging van wilde varkens in de gedomesticeerde varkens heeft plaatsgevonden. “In de Middeleeuwen lieten boeren hun varkens gewoon los in het bos lopen, waardoor de genetische uitwisseling met hun wilde soortgenoten behoorlijk sterk bleef.” Die wilde inmenging is goed nieuws voor de fokkerijsector, zegt Groenen. “Daardoor is er voor fokkers bij varkens nog veel genetische variatie te vinden.”
Catalogus
Voor de fokkers is het ook handig dat voor het onderzoek ook commerciële varkens werden gesequenced. Zo bouwden de onderzoekers een goede catalogus op die laat zien wat specifiek is voor wilde en tamme varkens. Dat kan nuttige informatie zijn voor de ontwikkeling van nieuwe commerciële varkenslijnen. Groenen: “Onze grote selectie aan genoomsequenties geeft een beter inzicht in mogelijk interessante genetische varianten, en de varianten die je niet wilt hebben.”
Meer informatie
Wageningen UR
Droevendaalsesteef 4
6708 PB Wageningen
T.: +31 (0)317 480100
W.: www.wageningenur.nl
